系统工程研究所成立于 1979 年， 1993 年成为博士点， 1995 年设立博士后流动站， 2003 年开设系统分析与集成硕士点，物流工程和项目管理工程硕士点，物流管理本科点，现有系统工程博士后流动站、博士点，系统工程和系统分析与集成硕士点，系统工程、物流工程和项目管理工程硕士点，物流管理本科点。以科学研究和研究生培养为主，在开展研究工作的同时，致力于培养集管理和技术于一身的高层次复合型人才。
系统工程研究所在长期的科研实践中，形成了面向食品安全系统、智能交通系统、工业安全系统、大型企业物流系统和社会经济系统等复杂系统分析、决策和建模的学科发展方向。在智能交通、故障诊断、应急管理、供应链管理、企业建模和电子商务等方面具有一定优势，取得了一批有较大影响的成果。
系统工程和系统分析与集成专业培养学生具有较强的系统分析能力和管理学基础，擅长运用各种技术手段，运用定性和定量相结合的方法，从事各类系统尤其是大规模的复杂系统的分析、设计、建模、优化和决策。学生毕业后，既可以从事具体的工程技术工作，又能辅助高层领导管理决策，从业面广。
物流管理工程系组建于 2003 年，在相关项目的支持下，已经在电子商务物流、采购物流、国际物流、食品物流、零售物流、冷藏物流、邮政物流、危险品物流和物流信息化等方面形成了具有优势的研究方向，并在供应链管理复杂性、动态定价等理论研究中构建了独特的创新体系和平台。主要研究成果有：
1、电子商务物流。“十五”国家科技攻关计划—电子商务与现代物流技术研究、开发及示范工程(2004BA205A35)；“十一五”国家科技支撑计划—现代物流综合管理关键技术与平台（2006BAH02A06）。
2、采购物流。中国石化集团公司—中国石化现代供应物流体系规划（R503018）；江苏省电力公司物资战略与物流体系研究；扬子石化股份公司—扬子石化MRO库存储备协同管理系统；中国石化广州石化分公司—广石化物料和需求计划管理系统；扬子石化股份公司—扬子石化MRO重要物资采购过程控制系统。
3、国际物流。国家自然科学青年基金项目—“汇率风险下国际供应链决策优化：网络均衡与变分不等式算法研究”（70901018）；德国V-LINE集团—V-LINE集团国内外MRO集成采购平台研究；德国教育研究计划—物流在德国/中国。
4、应急物流。国家自然科学基金—生物反恐体系中应急物流网络优化与仿真研究（70671021）；国家社会科学基金—城际重大危险源应急网络协同机制研究（06BZZ019）。
5、食品物流（含零售物流、冷藏物流）。“十五”国家重大科技专项“食品安全关键技术研究”项目—超市食品安全监控与应急管理信息系统（2001BA804A041）；“十五”江苏省科技攻关项目—超市食品安全监控管理信息系统开发（BE2004313）；“十五”江苏省科技攻关项目—生鲜食品冷藏链体系关键技术研究与开发（BE2004311）；“十一五”国家科技支撑计划课题—食品污染溯源技术（2006BAK02A16）；“十一五”国家科技支撑计划课题—超市食品安全的质量控制技术研究（2006BAK02A28）；商务部重点项目—我国工业品超市发展现状与政策研究；商务部重点项目—我国农产品冷藏链产业发展政策研究；江苏省“六大人才高峰”资助项目—基于微生物预测模型的食品货架期评估技术研究。
6、邮政物流。南京市邮政局—南京市邮政局物流系统分析研究。
7、危险品物流。教育部人文社会科学研究项目—危险品物流风险管理及应急机制研究（07JA630060）；南京市软科学研究项目—南京市危险品物流现状、问题及对策研究（宁科200602011）。
8、物流信息化。国家发改委“企业信息化专项”—南京丁家庄现代物流信息化项目（发改办高技[2004]1273号批文）；江苏省软科学研究计划项目资助－“加快江苏物流业发展的政策和技术支撑体系研究”（BR2009060）；江苏省“333工程”培养资金资助—基于SaaS模式的物流综合管理服务平台研究；南京市软科学研究项目—加快南京现代物流业信息化水平研究。
9、供应链管理。国家自然科学基金—零售商主导型供应链的订单柔性分配决策与行为优化研究（71001024）；国家自然科学基金—供需双重突变情形下多级供应链二维整合协调模型研究（71001025）。
物流管理专业是江苏省特色专业，《供应链与物流管理》是国家精品课程。 物流管理专业致力于为社会培养具有物流管理和物流工程专业知识的复合型高级人才。学生不仅具有良好的科学素养、坚实的数理基础 和较高的分析问题解决能力，而且具有现代经营意识和战略眼光，能够从事现代物流技术装备应用开发、物流策划、预测和物流系统设计、管理、营运等工作，能够从事物流企业的管理、规划、生产、经营和销售，以及物流服务运输组织、计算机网络技术及物流信息系统开发维护等工作，就业面广、适应性强，能够在企事业单位、科研院所和政府部门从事管理和科研工作。
系主任：李四杰，博士，副教授
副系主任：薜巍立，孙胜楠
